（1）要明确合作各方的开发资质或取得资质的相应责任；
（2）约定先合伙或合作、后成立项目公司的方式，其承担民事责任方式先后不同；要明确先后的权利义务关系及办理相应手续的责任主体；
（3）组成项目公司合作开发的，要明确注册资本投入方式以及注册资本与投资总额的差异的处理对策及相应的责任；
（4）以土地使用权入股组成项目公司的，土地使用权须作评估；
（5）以筹建处或其它名义合作开发的，须使之成为能独立承担权利义务的其它经济组织，并明确合作筹建各方的权利义务；
（6）合作开发一方以土地使用权作为合作投资的，应办理土地使用人和使用性质的变更登记手续，并明确有关费用的承担方式和责任人；
（7）一个地块上合作开发涉及几个性质不同的项目，应分别立项、分别进行审批并办理不同的证照；
（8）合作开发各方的投资回报的方式，应按是否以开发项目的房屋为标的分别规定权利义务，投资回报系约定分房的，应明确房屋分配的具体办法；投资回报系分配利润的，应约定利润的计取方式；
（9）合作开发合同应约定建筑面积增加时的政府批准手续和增加面积的成本，增加分担及面积分配方式；
（10）合作开发合同由于需办理相关手续，往往效力待定，合作合同应具体约定一旦合同被确认无效或不生效时的具体处理方法。